Das hängt davon ab, ob man lieber die Rolle des Mönchs oder eines mittelalterlichen Folteropfers annehmen möchte. Denn die beiden Versionen haben unterschiedliche Ursprünge.

Brennende Kerze trieb Mönche zum schnelleren Singen und Beten an

Zu der Variante "auf den Nägeln": Es gab in der Tat und durch Holzschnitte belegt bei den Mönchen oder auch bei Priestern kleine Kerzchen, die auf den Daumennägeln befestigt waren. So konnten sie, wenn sie sehr früh Messe in der Messe waren, in ihrem Gebetbuch etwas lesen. Wenn das zu lange dauerte, dann brannte die Kerze immer weiter runter und sie mussten darauf schauen, dass sie schnell genug sangen. Deswegen war das eine unangenehme Situation, wenn einem etwas auf den Nägeln brannte.

Foltermethode: brennender Kienspan unter den Nägeln

"Unter den Nägeln" brennen hängt damit zusammen, dass es entsprechende Foltermethoden gab. Man steckte jemandem einen Kienspan unter die Nägel und zündete den an. Das war natürlich äußerst unangenehm und sehr, sehr widerlich. Also können Sie sowohl sagen "es brennt mir unter den Nägeln" als auch "das brennt mir auf den Nägeln".